Bei der Errichtung der Bojana-Kirche kann man drei Bauetappen unterscheiden: die erste Ende des 10./Anfang des 11. Jahrhunderts, die zweite Mitte des 13. Jahrhunderts und die dritte im 19. Jahrhundert.

Der erste (ostliche) Teil der Kirche ist ein kleines Kreuzkuppelgebaude mit einer Apsis und eingearbeiteten Stutzen, die ein Kreuz bilden. Es wurde Ende des 10., Anfang des 11. Jahrhunderts errichtet.

Der zweite Teil der Kirche wurde Mitte des 13. Jahrhunderts durch die Stiftungen des Sebastokrators Kalojan und seiner Gattin Dessislawa angebaut. Er gehort zum Typ der zweistockigen Grabeskirchen. Der untere Teil war als Begrabnisstatte der Stifter gedacht, er war mit einer zylinderformigen Wolbung mit zwei gewolbten Nischen in der Nord- und der Sudwand gestaltet, der zweite wiederholt den architektonischen Typ der ursprunglichen Kirche, er diente als Familienkapelle. Kennzeichnend fur den Fassadenschmuck des zweiten Teils der Kirche ist der Schmuck aus keramischer Plastik.

Der letzte Teil des Denkmals, der mit Spenden der einheimischen Bevolkerung errichtet wurde, stammt aus der Mitte des 19. Jahrhunderts.